单细胞测序(四):软件注释
一、singleR 1. 总体代码 #第二种方法用SingleR鉴定细胞类型 ###下载好数据库后,把ref_Human_all.Rdata加载到环境中,这样算是对数据库的加载,就可以按照singler的算法来对细胞亚群进行定义了...
单细胞分析(一):矩阵数据的处理
一、总体代码 Seurat包官方文档https://satijalab.org/seurat/articles/pbmc3k_tutorial #加载所需R包 library(Seurat) library(tidyverse) library(dplyr) library(patchwork) library(ggplot2...
ubuntu系统下R语言安装velocyto.R报错ERROR: compilation failed for package ‘velocyto.R’的解决方案
velocyto.R可用于RNA速率分析,在使用install_github('velocyto-team/velocyto.R')时,出现如下报错: ERROR: dependency ‘pcaMethods’ is not available for package ‘velocyto.R’<br>*...
R语言自作笔记
R语言字母向量: LETTERS: the 26 upper-case letters of the Roman alphabet; letters: the 26 lower-case letters of the Roman alphabet; month.abb: the three-letter abbreviations for th...
单细胞学习(五):通过聚类角度判断哪些cluster可能属于同一细胞类型
1.总体代码 ##清空环境 rm(list=ls()) #设置工作路径 ###加载所需要的包 library(Seurat) library(tidyverse) library(dplyr) library(patchwork) x=list.files() dir = c('BC2/', 'BC21/') nam...
利用frp构建内网穿透服务
一、frps通过docker进行服务器端配置 1.首先在/etc下新建文件夹frp,通过vim命令新建frps.ini文件如下 [common] # 监听端口 bind_port = 0000 # 面板端口 dashboard_port = 0000 # 登录面板账号...
文献阅读:脑膜对创伤性脑损伤和衰老的转录反应
摘要 研究人员利用高通量RNA测序(RNA-seq)技术,研究了脑膜对创伤性脑损伤(TBI)和衰老的转录反应,这一研究涵盖了亚急性和慢性的时间框架。研究人员首先使用单细胞RNA测序(scRNA-seq)探索...
在Windows系统的Edge中实现新bing(new bing)访问,解决cnbing重定向问题
背景 在新bing公测的时候,我第一时间加入了waitlist,并快速通过申请。前期也存在着cn.bing.com重定向问题,当时只需安装modheader等HTTP请求头修改插件便可解决此问题。 然而,天有不测风云,...
python常见问题解决汇总(持续更新)
1.conda安装包提示Solving environment: unsuccessful initial attempt using frozen solve. Retrying with flexible solve 使用 Conda 安装包时遇到 “Solving environment: unsuccessful init...
单细胞测序分析所用工作站配件选购、组装与配置
1.背景 常规家用电脑通常难以满足单细胞测序分析对于电脑的配置要求(CPU的线程与内存容量,内存通常需要256G以上)。虽然目前我的PC为128G,但该内存为非ECC内存,其最高128G的容量也难以满足...







