一、singleR 1. 总体代码 #第二种方法用SingleR鉴定细胞类型 ###下载好数据库后，把ref_Human_all.Rdata加载到环境中，这样算是对数据库的加载，就可以按照singler的算法来对细胞亚群进行定义了...

一、总体代码 Seurat包官方文档https://satijalab.org/seurat/articles/pbmc3k_tutorial #加载所需R包 library(Seurat) library(tidyverse) library(dplyr) library(patchwork) library(ggplot2...

velocyto.R可用于RNA速率分析，在使用install_github('velocyto-team/velocyto.R')时，出现如下报错： ERROR: dependency ‘pcaMethods’ is not available for package ‘velocyto.R’<br>*...

摘要 研究人员利用高通量RNA测序（RNA-seq）技术，研究了脑膜对创伤性脑损伤（TBI）和衰老的转录反应，这一研究涵盖了亚急性和慢性的时间框架。研究人员首先使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）探索...

背景 在新bing公测的时候，我第一时间加入了waitlist，并快速通过申请。前期也存在着cn.bing.com重定向问题，当时只需安装modheader等HTTP请求头修改插件便可解决此问题。 然而，天有不测风云，...

1.conda安装包提示Solving environment: unsuccessful initial attempt using frozen solve. Retrying with flexible solve 使用 Conda 安装包时遇到 “Solving environment: unsuccessful init...

1.背景 常规家用电脑通常难以满足单细胞测序分析对于电脑的配置要求（CPU的线程与内存容量，内存通常需要256G以上）。虽然目前我的PC为128G，但该内存为非ECC内存，其最高128G的容量也难以满足...

code:https://github.com/marcocolonnalab/CPZ 原文地址：https://www.cell.com/cell-reports/fulltext/S2211-1247(23)00304-2?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2...

一、制作密钥对 1.打开windows或者Mac OS中的powershell，输入 #生成密钥对 ssh-keygen -t RSA -b 2048 -C "your@domain.com" #-t 后表示ssh的密钥类型，常用的有：rsa、ed25519、dss...

空间转录组学揭示损伤脑的独特分子区域化 为了探索TBI的细胞景观，研究人员收集了TBI患者手术后的脑挫伤组织，并基于10× Genomics进行单细胞RNA测序(RNA-seq)。细胞经过t分布随机邻居嵌入(tSNE...