学习心得共15篇
文献阅读:脑膜对创伤性脑损伤和衰老的转录反应-吃了吃了

文献阅读:脑膜对创伤性脑损伤和衰老的转录反应

摘要 研究人员利用高通量RNA测序(RNA-seq)技术,研究了脑膜对创伤性脑损伤(TBI)和衰老的转录反应,这一研究涵盖了亚急性和慢性的时间框架。研究人员首先使用单细胞RNA测序(scRNA-seq)探索...
drqux的头像-吃了吃了drqux1个月前
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单细胞学习(五):通过聚类角度判断哪些cluster可能属于同一细胞类型-吃了吃了

单细胞学习(五):通过聚类角度判断哪些cluster可能属于同一细胞类型

1.总体代码 ##清空环境 rm(list=ls()) #设置工作路径 ###加载所需要的包 library(Seurat) library(tidyverse) library(dplyr) library(patchwork) x=list.files() dir = c('BC2/', 'BC21/') nam...
drqux的头像-吃了吃了drqux3个月前
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文献学习2:创伤性脑损伤导致由小胶质细胞介导的慢性皮质炎症和神经元功能障碍-吃了吃了

文献学习2:创伤性脑损伤导致由小胶质细胞介导的慢性皮质炎症和神经元功能障碍

文献学习 Title:Traumatic Brain Injury Causes Chronic Cortical Inflammation and Neuronal Dysfunction Mediated by Microglia DOI: https://doi.org/10.1523/JNEUROSCI.2469-20.2020 题目...
文献阅读:增强星形胶质细胞内的内源性大麻素信号可促进创伤性脑损伤的恢复-吃了吃了

文献阅读:增强星形胶质细胞内的内源性大麻素信号可促进创伤性脑损伤的恢复

Title: Enhancing endocannabinoid signalling in astrocytes promotes recovery from traumatic brain injury DOI: https://doi.org/10.1093/brain/awab310 创伤性脑损伤是阿尔茨海默病和痴呆...
drqux的头像-吃了吃了drqux7个月前
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单细胞测序(四):软件注释-吃了吃了

单细胞测序(四):软件注释

一、singleR 1. 总体代码 #第二种方法用SingleR鉴定细胞类型 ###下载好数据库后,把ref_Human_all.Rdata加载到环境中,这样算是对数据库的加载,就可以按照singler的算法来对细胞亚群进行定义了...
drqux的头像-吃了吃了drqux7个月前
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单细胞测序(三):寻找细胞标记-吃了吃了

单细胞测序(三):寻找细胞标记

一、亚群注释 明确细胞类型。 1.识别每个类群的所有标记物; 2.识别每个类群的保留标记; 3.特定类群的标记识别。 1. 总体代码 markers <- FindAllMarkers(object = scRNA_harmony, test.use...
drqux的头像-吃了吃了drqux7个月前
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单细胞测序(二):多组单细胞数据的合并-吃了吃了

单细胞测序(二):多组单细胞数据的合并

单细胞的批次效应 批次:细胞以不同的分组处理时,可能发生批次效应。不同单细胞样本的数据合并通常有多种方式,包含锚定点法、Harmony、RPCA和SCTransform等。可以根据实际情况选择需要的合并...
drqux的头像-吃了吃了drqux7个月前
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单细胞分析(一):矩阵数据的处理-吃了吃了

单细胞分析(一):矩阵数据的处理

一、总体代码 Seurat包官方文档https://satijalab.org/seurat/articles/pbmc3k_tutorial #加载所需R包 library(Seurat) library(tidyverse) library(dplyr) library(patchwork) library(ggplot2...
drqux的头像-吃了吃了drqux7个月前
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Linux系统通过密钥ssh登陆配置方法-吃了吃了

Linux系统通过密钥ssh登陆配置方法

一、制作密钥对 1.打开windows或者Mac OS中的powershell,输入 #生成密钥对 ssh-keygen -t RSA -b 2048 -C "your@domain.com" #-t 后表示ssh的密钥类型,常用的有:rsa、ed25519、dss...
drqux的头像-吃了吃了drqux7个月前
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单细胞测序分析所用工作站配件选购、组装与配置-吃了吃了

单细胞测序分析所用工作站配件选购、组装与配置

1.背景 常规家用电脑通常难以满足单细胞测序分析对于电脑的配置要求(CPU的线程与内存容量,内存通常需要256G以上)。虽然目前我的PC为128G,但该内存为非ECC内存,其最高128G的容量也难以满足...
drqux的头像-吃了吃了drqux7个月前
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