ubuntu系统下R语言安装velocyto.R报错ERROR: compilation failed for package ‘velocyto.R’的解决方案

velocyto.R可用于RNA速率分析,在使用install_github("velocyto-team/velocyto.R")时,出现如下报错:

ERROR: dependency ‘pcaMethods’ is not available for package ‘velocyto.R’<br>* removing ‘/home/drqux/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.3/velocyto.R’<br>Warning message:<br>In i.p(...) :<br>  安装程序包‘/tmp/RtmpdsVAXU/file3d077a16dd16b7/velocyto.R_0.6.tar.gz’时退出狀態的值不是0

提示缺乏pcaMethods这个包,BiocManager::install('pcaMethods')安装该包后,报错

/usr/bin/ld: 找不到 -lboost_filesystem<br>/usr/bin/ld: 找不到 -lboost_system<br>collect2: error: ld returned 1 exit status<br>make: *** [/usr/share/R/share/make/shlib.mk:10:velocyto.R.so] 错误 1<br>ERROR: compilation failed for package ‘velocyto.R’<br>* removing ‘/home/drqux/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.3/velocyto.R’<br>Warning message:<br>In i.p(...) :<br>  安装程序包‘/tmp/RtmpdsVAXU/file3d077a9926b57/velocyto.R_0.6.tar.gz’时退出狀態的值不是0

可能是系统相关依赖存在问题,在terminal中安装apt-get install libboost-dev,依然报错。尝试sudo apt-get install libboost-all-dev,报错

`下列软件包有未满足的依赖关系:<br> libboost-all-dev : 依赖: libboost-mpi-dev 但是它将不会被安装<br>                    依赖: libboost-mpi-python-dev 但是它将不会被安装`

查阅后,采用aptitude安装所有依赖

sudo apt-get install aptitude<br>sudo aptitude install libboost-all-dev

顺利安装libboost-all-dev,返回R,提示DONE (velocyto.R)

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