学习心得共19篇 第2页
单细胞测序（三）：寻找细胞标记
一、亚群注释 明确细胞类型。 1.识别每个类群的所有标记物； 2.识别每个类群的保留标记； 3.特定类群的标记识别。 1. 总体代码 markers <- FindAllMarkers(object = scRNA_harmony, test.use...
2023/08/16
文献学习2:创伤性脑损伤导致由小胶质细胞介导的慢性皮质炎症和神经元功能障碍
文献学习 Title：Traumatic Brain Injury Causes Chronic Cortical Inflammation and Neuronal Dysfunction Mediated by Microglia DOI: https://doi.org/10.1523/JNEUROSCI.2469-20.2020 题目...
2023/09/09
单细胞学习（五）：通过聚类角度判断哪些cluster可能属于同一细胞类型
1.总体代码 ##清空环境 rm(list=ls()) #设置工作路径 ###加载所需要的包 library(Seurat) library(tidyverse) library(dplyr) library(patchwork) x=list.files() dir = c('BC2/', 'BC21/') nam...
2023/12/12
python常见问题解决汇总（持续更新）
1.conda安装包提示Solving environment: unsuccessful initial attempt using frozen solve. Retrying with flexible solve 使用 Conda 安装包时遇到 “Solving environment: unsuccessful init...
2024/04/12
单细胞分析（一）：矩阵数据的处理
一、总体代码 Seurat包官方文档https://satijalab.org/seurat/articles/pbmc3k_tutorial #加载所需R包 library(Seurat) library(tidyverse) library(dplyr) library(patchwork) library(ggplot2...
2023/08/14
在Windows系统的Edge中实现新bing（new bing）访问，解决cnbing重定向问题
背景 在新bing公测的时候，我第一时间加入了waitlist，并快速通过申请。前期也存在着cn.bing.com重定向问题，当时只需安装modheader等HTTP请求头修改插件便可解决此问题。 然而，天有不测风云，...
2023/03/28
单细胞测序（四）：软件注释
一、singleR 1. 总体代码 #第二种方法用SingleR鉴定细胞类型 ###下载好数据库后，把ref_Human_all.Rdata加载到环境中，这样算是对数据库的加载，就可以按照singler的算法来对细胞亚群进行定义了...
2023/08/28
小鼠中枢神经系统脱髓鞘和再髓鞘脑细胞转录组图谱和相互作用网络
code:https://github.com/marcocolonnalab/CPZ 原文地址：https://www.cell.com/cell-reports/fulltext/S2211-1247(23)00304-2?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2...
2024/04/12
整合空间转录组和代谢研究揭示人脑损伤后的代谢异质性
空间转录组学揭示损伤脑的独特分子区域化 为了探索TBI的细胞景观，研究人员收集了TBI患者手术后的脑挫伤组织，并基于10× Genomics进行单细胞RNA测序(RNA-seq)。细胞经过t分布随机邻居嵌入(tSNE...
2024/04/14