单细胞测序分析所用工作站配件选购、组装与配置

1.背景

常规家用电脑通常难以满足单细胞测序分析对于电脑的配置要求（CPU的线程与内存容量，内存通常需要256G以上）。虽然目前我的PC为128G，但该内存为非ECC内存，其最高128G的容量也难以满足后续cellranger，cellphone DB和拟时序分析等的要求。因此，攒一些洋垃圾配件，配置一台单细胞分析所需的大RAM工作站是极有必要的。

2. 配置清单

###配置清单
主板：超微supermicro H11dsi-NT 价格： 1488元
CPU: AMD epyc 7601 无锁 * 2  价格：3000元
内存：SK 32G 2666MHz *16 价格：3160元
散热：EPYC-4U-6散热管风扇* 2 价格：276元
电源：长城G11金牌全模组1100W 价格：712元
机箱：微拓者全塔式服务器机箱5盘位 价格：839元
硬盘：INTEL S3610 1.6T MLC 价格：418元
显示器：VGA便携式显示器 价格357元
合计价格：10250元

注1：H11dsi-NT的网口虽为10G网口，但似乎其搭载的 INTEL X550网卡不支持2.5G路由器，插上网口后无法联网；
注2: H11dsi-NT自带VGA板载显卡连接VGA线以后，无法通过HDMI转接头连接显示器，因此购置VGA便携式显示器。

3. 安装

主板官网：https://www.supermicro.com/en/products/motherboard/H11DSi-NT
说明书下载地址：https://www.supermicro.com/Aplus/support/resources/results.cfm
注：主板固定前一定要将IO背板装至机箱，固定后难以插入背板。

4.ubuntu 20.04 系统的安装

ubuntu镜像下载地址：https://releases.ubuntu.com/focal/ ，选择Desktop image。
将iso文件通过Rufus 3.15软件写入U盘，插入主板后进行系统安装。

### linux系统常用命令
#安装软件包：
sudo apt-get install *
#更新软件包
sudo apt-get update
# deb包安装
sudo dpkg -i *.deb

5.在ubuntu中部署R studio-server

安装地址：https://posit.co/download/rstudio-server/

#首先安装R
sudo apt-get install r-base
#安装gdebi核
sudo apt-get install gdebi-core
#安装rstudio
wget https://download2.rstudio.org/server/focal/amd64/rstudio-server-2023.06.1-524-amd64.deb
sudo gdebi rstudio-server-2023.06.1-524-amd64.deb

注意事项：

1. rstudio server无法以root登陆，其它账户则可以
2. rstudio server常用配置命令

   #启动
   rstudio-server start
   #重启
   rstudio-server restart
   #停止
   rstudio-server stop
   #运行状态
   rstudio-server status

3. 通过/etc/rstudio/rserver.conf和/etc/rstudio/rsession.conf进行进一步配置。
   在rserver.conf里配置

   www-port = 端口号
   #绑定地址
   www-address=127.0.0.1

   在rsession.conf里配置

   rsession-which-r = R语言安装位置
   #修改auth-required-user-group可以限制能够使用RStudio-server的用户组
   auth-required-user-group=rstudio_users
   #更改R包安装地址
   r-libs-user=~/R/packages
   #更改默认镜像
   r-cran-repos=https://

4. 在图形界面打开rsession.conf，往往显示只读，无法保存。ubuntu下只读文件的修改方法，打开终端：

   sudo gedit /etc/rstudio/ression.conf

6.存在问题及解决

6.1 tidyverse包无法安装

使用install.package安装tidyverse时，出现以下warning

Warning in install.packages :
  installation of package ‘textshaping’ had non-zero exit status
ERROR: dependency ‘textshaping’ is not available for package ‘ragg’
* removing ‘/home/drqux/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.3/ragg’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘ragg’ had non-zero exit status
ERROR: dependency ‘ragg’ is not available for package ‘tidyverse’
* removing ‘/home/drqux/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.3/tidyverse’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘tidyverse’ had non-zero exit status

可能存在的问题：tidyverse包所需的系统依赖未安装，在终端中执行以下语句安装所需依赖

sudo apt install libcurl4-openssl-dev libssl-dev libxml2-dev libfontconfig1-dev libharfbuzz-dev libfribidi-dev libfreetype6-dev libpng-dev libtiff5-dev libjpeg-dev