单细胞测序分析所用工作站配件选购、组装与配置

1.背景

常规家用电脑通常难以满足单细胞测序分析对于电脑的配置要求(CPU的线程与内存容量,内存通常需要256G以上)。虽然目前我的PC为128G,但该内存为非ECC内存,其最高128G的容量也难以满足后续cellranger,cellphone DB和拟时序分析等的要求。因此,攒一些洋垃圾配件,配置一台单细胞分析所需的大RAM工作站是极有必要的。

2. 配置清单

###配置清单
主板:超微supermicro H11dsi-NT 价格: 1488元
CPU: AMD epyc 7601 无锁 * 2  价格:3000元
内存:SK 32G 2666MHz *16 价格:3160元
散热:EPYC-4U-6散热管风扇* 2 价格:276元
电源:长城G11金牌全模组1100W 价格:712元
机箱:微拓者全塔式服务器机箱5盘位 价格:839元
硬盘:INTEL S3610 1.6T MLC 价格:418元
显示器:VGA便携式显示器 价格357元
合计价格:10250元

注1:H11dsi-NT的网口虽为10G网口,但似乎其搭载的 INTEL X550网卡不支持2.5G路由器,插上网口后无法联网;
注2: H11dsi-NT自带VGA板载显卡连接VGA线以后,无法通过HDMI转接头连接显示器,因此购置VGA便携式显示器。

3. 安装

主板官网:https://www.supermicro.com/en/products/motherboard/H11DSi-NT
说明书下载地址:https://www.supermicro.com/Aplus/support/resources/results.cfm
注:主板固定前一定要将IO背板装至机箱,固定后难以插入背板。

4.ubuntu 20.04 系统的安装

ubuntu镜像下载地址:https://releases.ubuntu.com/focal/ ,选择Desktop image。
将iso文件通过Rufus 3.15软件写入U盘,插入主板后进行系统安装。

### linux系统常用命令
#安装软件包:
sudo apt-get install *
#更新软件包
sudo apt-get update
# deb包安装
sudo dpkg -i *.deb

5.在ubuntu中部署R studio-server

安装地址:https://posit.co/download/rstudio-server/

#首先安装R
sudo apt-get install r-base
#安装gdebi核
sudo apt-get install gdebi-core
#安装rstudio
wget https://download2.rstudio.org/server/focal/amd64/rstudio-server-2023.06.1-524-amd64.deb
sudo gdebi rstudio-server-2023.06.1-524-amd64.deb

注意事项:

  1. rstudio server无法以root登陆,其它账户则可以
  2. rstudio server常用配置命令
    #启动
    rstudio-server start
    #重启
    rstudio-server restart
    #停止
    rstudio-server stop
    #运行状态
    rstudio-server status
  3. 通过/etc/rstudio/rserver.conf和/etc/rstudio/rsession.conf进行进一步配置。
    在rserver.conf里配置

    www-port = 端口号
    #绑定地址
    www-address=127.0.0.1

    在rsession.conf里配置

    rsession-which-r = R语言安装位置
    #修改auth-required-user-group可以限制能够使用RStudio-server的用户组
    auth-required-user-group=rstudio_users
    #更改R包安装地址
    r-libs-user=~/R/packages
    #更改默认镜像
    r-cran-repos=https://
  4. 在图形界面打开rsession.conf,往往显示只读,无法保存。ubuntu下只读文件的修改方法,打开终端:
    sudo gedit /etc/rstudio/ression.conf

6.存在问题及解决

6.1 tidyverse包无法安装

使用install.package安装tidyverse时,出现以下warning

Warning in install.packages :
  installation of package ‘textshaping’ had non-zero exit status
ERROR: dependency ‘textshaping’ is not available for package ‘ragg’
* removing ‘/home/drqux/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.3/ragg’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘ragg’ had non-zero exit status
ERROR: dependency ‘ragg’ is not available for package ‘tidyverse’
* removing ‘/home/drqux/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.3/tidyverse’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘tidyverse’ had non-zero exit status

可能存在的问题:tidyverse包所需的系统依赖未安装,在终端中执行以下语句安装所需依赖

sudo apt install libcurl4-openssl-dev libssl-dev libxml2-dev libfontconfig1-dev libharfbuzz-dev libfribidi-dev libfreetype6-dev libpng-dev libtiff5-dev libjpeg-dev
© 版权声明
THE END
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