创建博客主要有两个目的，一个是用作笔记，另一个则是写一些日常随想。 最初的预想是将两个目的合在一个博客里，既省事，所作的笔记又可以给随想引流。 然而， 当真正提笔想要写些随想的时候，...

一、颅CT基础 1.三种常用头颅扫描基线 （1）常规：横轴位（眦耳线），层厚8~10 mm （2）横轴位（眦耳线）：上眶耳线（眦耳线向后倾斜20°） （3）鞍区扫描等 2.密度分类 低密度（黑-透光）：空...

velocyto.R可用于RNA速率分析，在使用install_github('velocyto-team/velocyto.R')时，出现如下报错： ERROR: dependency ‘pcaMethods’ is not available for package ‘velocyto.R’<br>*...

一、singleR 1. 总体代码 #第二种方法用SingleR鉴定细胞类型 ###下载好数据库后，把ref_Human_all.Rdata加载到环境中，这样算是对数据库的加载，就可以按照singler的算法来对细胞亚群进行定义了...

摘要 研究人员利用高通量RNA测序（RNA-seq）技术，研究了脑膜对创伤性脑损伤（TBI）和衰老的转录反应，这一研究涵盖了亚急性和慢性的时间框架。研究人员首先使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）探索...

一、亚群注释 明确细胞类型。 1.识别每个类群的所有标记物； 2.识别每个类群的保留标记； 3.特定类群的标记识别。 1. 总体代码 markers <- FindAllMarkers(object = scRNA_harmony, test.use...

背景 在新bing公测的时候，我第一时间加入了waitlist，并快速通过申请。前期也存在着cn.bing.com重定向问题，当时只需安装modheader等HTTP请求头修改插件便可解决此问题。 然而，天有不测风云，...

一、制作密钥对 1.打开windows或者Mac OS中的powershell，输入 #生成密钥对 ssh-keygen -t RSA -b 2048 -C "your@domain.com" #-t 后表示ssh的密钥类型，常用的有：rsa、ed25519、dss...

单细胞的批次效应 批次：细胞以不同的分组处理时，可能发生批次效应。不同单细胞样本的数据合并通常有多种方式，包含锚定点法、Harmony、RPCA和SCTransform等。可以根据实际情况选择需要的合并...

疯狂肝了两天，此博客终于稳定下来。现在也终于可以有些时间写下第一篇文章，纪念一下这几天的付出。 一、建站灵感 说起建站的理由，其实也很偶然。前几天我在接收outlook邮件的时候，突然发现o...

空间转录组学揭示损伤脑的独特分子区域化 为了探索TBI的细胞景观，研究人员收集了TBI患者手术后的脑挫伤组织，并基于10× Genomics进行单细胞RNA测序(RNA-seq)。细胞经过t分布随机邻居嵌入(tSNE...