最新发布
随想改为独立板块，更安静的阅读空间
创建博客主要有两个目的，一个是用作笔记，另一个则是写一些日常随想。 最初的预想是将两个目的合在一个博客里，既省事，所作的笔记又可以给随想引流。 然而， 当真正提笔想要写些随想的时候，...
2024/05/03
文献阅读：增强星形胶质细胞内的内源性大麻素信号可促进创伤性脑损伤的恢复
Title: Enhancing endocannabinoid signalling in astrocytes promotes recovery from traumatic brain injury DOI: https://doi.org/10.1093/brain/awab310 创伤性脑损伤是阿尔茨海默病和痴呆...
2023/08/29
单细胞测序（三）：寻找细胞标记
一、亚群注释 明确细胞类型。 1.识别每个类群的所有标记物； 2.识别每个类群的保留标记； 3.特定类群的标记识别。 1. 总体代码 markers <- FindAllMarkers(object = scRNA_harmony, test.use...
2023/08/16
文献阅读：脑膜对创伤性脑损伤和衰老的转录反应
摘要 研究人员利用高通量RNA测序（RNA-seq）技术，研究了脑膜对创伤性脑损伤（TBI）和衰老的转录反应，这一研究涵盖了亚急性和慢性的时间框架。研究人员首先使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）探索...
2024/01/18
python常见问题解决汇总（持续更新）
1.conda安装包提示Solving environment: unsuccessful initial attempt using frozen solve. Retrying with flexible solve 使用 Conda 安装包时遇到 “Solving environment: unsuccessful init...
2024/04/12
单细胞测序（四）：软件注释
一、singleR 1. 总体代码 #第二种方法用SingleR鉴定细胞类型 ###下载好数据库后，把ref_Human_all.Rdata加载到环境中，这样算是对数据库的加载，就可以按照singler的算法来对细胞亚群进行定义了...
2023/08/28
Hello, world!
疯狂肝了两天，此博客终于稳定下来。现在也终于可以有些时间写下第一篇文章，纪念一下这几天的付出。 一、建站灵感 说起建站的理由，其实也很偶然。前几天我在接收outlook邮件的时候，突然发现o...
2022/05/10
单细胞分析（一）：矩阵数据的处理
一、总体代码 Seurat包官方文档https://satijalab.org/seurat/articles/pbmc3k_tutorial #加载所需R包 library(Seurat) library(tidyverse) library(dplyr) library(patchwork) library(ggplot2...
2023/08/14
小鼠中枢神经系统脱髓鞘和再髓鞘脑细胞转录组图谱和相互作用网络
code:https://github.com/marcocolonnalab/CPZ 原文地址：https://www.cell.com/cell-reports/fulltext/S2211-1247(23)00304-2?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2...
2024/04/12
单细胞学习（五）：通过聚类角度判断哪些cluster可能属于同一细胞类型
1.总体代码 ##清空环境 rm(list=ls()) #设置工作路径 ###加载所需要的包 library(Seurat) library(tidyverse) library(dplyr) library(patchwork) x=list.files() dir = c('BC2/', 'BC21/') nam...
2023/12/12
整合空间转录组和代谢研究揭示人脑损伤后的代谢异质性
空间转录组学揭示损伤脑的独特分子区域化 为了探索TBI的细胞景观，研究人员收集了TBI患者手术后的脑挫伤组织，并基于10× Genomics进行单细胞RNA测序(RNA-seq)。细胞经过t分布随机邻居嵌入(tSNE...
2024/04/14