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ubuntu系统下R语言安装velocyto.R报错ERROR: compilation failed for package ‘velocyto.R’的解决方案
velocyto.R可用于RNA速率分析，在使用install_github('velocyto-team/velocyto.R')时，出现如下报错： ERROR: dependency ‘pcaMethods’ is not available for package ‘velocyto.R’<br>*...
2024/04/16单细胞测序（二）：多组单细胞数据的合并
单细胞的批次效应 批次：细胞以不同的分组处理时，可能发生批次效应。不同单细胞样本的数据合并通常有多种方式，包含锚定点法、Harmony、RPCA和SCTransform等。可以根据实际情况选择需要的合并...
2023/08/15
WordPress跨服务器迁移最简单的手段
最近把博客建好了以后，一直在考虑如果有一天换服务器怎么办。于是就想把wordpress迁移流程走一遍，以便以后根据需要进行迁移。在这个过程中，又走了很多弯路，费了很多时间。也有一个好处，就...
2022/05/12单细胞测序分析所用工作站配件选购、组装与配置
1.背景 常规家用电脑通常难以满足单细胞测序分析对于电脑的配置要求（CPU的线程与内存容量，内存通常需要256G以上）。虽然目前我的PC为128G，但该内存为非ECC内存，其最高128G的容量也难以满足...
2023/08/06
单细胞分析（一）：矩阵数据的处理
一、总体代码 Seurat包官方文档https://satijalab.org/seurat/articles/pbmc3k_tutorial #加载所需R包 library(Seurat) library(tidyverse) library(dplyr) library(patchwork) library(ggplot2...
2023/08/14
单细胞学习（五）：通过聚类角度判断哪些cluster可能属于同一细胞类型
1.总体代码 ##清空环境 rm(list=ls()) #设置工作路径 ###加载所需要的包 library(Seurat) library(tidyverse) library(dplyr) library(patchwork) x=list.files() dir = c('BC2/', 'BC21/') nam...
2023/12/12利用frp构建内网穿透服务
一、frps通过docker进行服务器端配置 1.首先在/etc下新建文件夹frp，通过vim命令新建frps.ini文件如下 [common] # 监听端口 bind_port = 0000 # 面板端口 dashboard_port = 0000 # 登录面板账号...
2022/08/16
R语言自作笔记
R语言字母向量： LETTERS: the 26 upper-case letters of the Roman alphabet; letters: the 26 lower-case letters of the Roman alphabet; month.abb: the three-letter abbreviations for th...
2022/05/13
Hello, world!
疯狂肝了两天，此博客终于稳定下来。现在也终于可以有些时间写下第一篇文章，纪念一下这几天的付出。 一、建站灵感 说起建站的理由，其实也很偶然。前几天我在接收outlook邮件的时候，突然发现o...
2022/05/10
单细胞测序（三）：寻找细胞标记
一、亚群注释 明确细胞类型。 1.识别每个类群的所有标记物； 2.识别每个类群的保留标记； 3.特定类群的标记识别。 1. 总体代码 markers <- FindAllMarkers(object = scRNA_harmony, test.use...
2023/08/16