技术探索共11篇
单细胞学习(五):通过聚类角度判断哪些cluster可能属于同一细胞类型-吃了吃了

单细胞学习(五):通过聚类角度判断哪些cluster可能属于同一细胞类型

1.总体代码 ##清空环境 rm(list=ls()) #设置工作路径 ###加载所需要的包 library(Seurat) library(tidyverse) library(dplyr) library(patchwork) x=list.files() dir = c('BC2/', 'BC21/') nam...
drqux的头像-吃了吃了drqux3个月前
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单细胞测序(四):软件注释-吃了吃了

单细胞测序(四):软件注释

一、singleR 1. 总体代码 #第二种方法用SingleR鉴定细胞类型 ###下载好数据库后,把ref_Human_all.Rdata加载到环境中,这样算是对数据库的加载,就可以按照singler的算法来对细胞亚群进行定义了...
drqux的头像-吃了吃了drqux7个月前
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单细胞测序(三):寻找细胞标记-吃了吃了

单细胞测序(三):寻找细胞标记

一、亚群注释 明确细胞类型。 1.识别每个类群的所有标记物; 2.识别每个类群的保留标记; 3.特定类群的标记识别。 1. 总体代码 markers <- FindAllMarkers(object = scRNA_harmony, test.use...
drqux的头像-吃了吃了drqux7个月前
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单细胞测序(二):多组单细胞数据的合并-吃了吃了

单细胞测序(二):多组单细胞数据的合并

单细胞的批次效应 批次:细胞以不同的分组处理时,可能发生批次效应。不同单细胞样本的数据合并通常有多种方式,包含锚定点法、Harmony、RPCA和SCTransform等。可以根据实际情况选择需要的合并...
drqux的头像-吃了吃了drqux7个月前
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单细胞分析(一):矩阵数据的处理-吃了吃了

单细胞分析(一):矩阵数据的处理

一、总体代码 Seurat包官方文档https://satijalab.org/seurat/articles/pbmc3k_tutorial #加载所需R包 library(Seurat) library(tidyverse) library(dplyr) library(patchwork) library(ggplot2...
drqux的头像-吃了吃了drqux7个月前
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Linux系统通过密钥ssh登陆配置方法-吃了吃了

Linux系统通过密钥ssh登陆配置方法

一、制作密钥对 1.打开windows或者Mac OS中的powershell,输入 #生成密钥对 ssh-keygen -t RSA -b 2048 -C "your@domain.com" #-t 后表示ssh的密钥类型,常用的有:rsa、ed25519、dss...
drqux的头像-吃了吃了drqux7个月前
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单细胞测序分析所用工作站配件选购、组装与配置-吃了吃了

单细胞测序分析所用工作站配件选购、组装与配置

1.背景 常规家用电脑通常难以满足单细胞测序分析对于电脑的配置要求(CPU的线程与内存容量,内存通常需要256G以上)。虽然目前我的PC为128G,但该内存为非ECC内存,其最高128G的容量也难以满足...
drqux的头像-吃了吃了drqux7个月前
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在Windows系统的Edge中实现新bing(new bing)访问,解决cnbing重定向问题-吃了吃了

在Windows系统的Edge中实现新bing(new bing)访问,解决cnbing重定向问题

背景 在新bing公测的时候,我第一时间加入了waitlist,并快速通过申请。前期也存在着cn.bing.com重定向问题,当时只需安装modheader等HTTP请求头修改插件便可解决此问题。 然而,天有不测风云,...
drqux的头像-吃了吃了drqux12个月前
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利用frp构建内网穿透服务-吃了吃了

利用frp构建内网穿透服务

一、frps通过docker进行服务器端配置 1.首先在/etc下新建文件夹frp,通过vim命令新建frps.ini文件如下 [common] # 监听端口 bind_port = 0000 # 面板端口 dashboard_port = 0000 # 登录面板账号...
drqux的头像-吃了吃了drqux2年前
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R语言自作笔记-吃了吃了

R语言自作笔记

R语言字母向量: LETTERS: the 26 upper-case letters of the Roman alphabet; letters: the 26 lower-case letters of the Roman alphabet; month.abb: the three-letter abbreviations for th...
drqux的头像-吃了吃了drqux2年前
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