单细胞学习(五):通过聚类角度判断哪些cluster可能属于同一细胞类型
1.总体代码 ##清空环境 rm(list=ls()) #设置工作路径 ###加载所需要的包 library(Seurat) library(tidyverse) library(dplyr) library(patchwork) x=list.files() dir = c('BC2/', 'BC21/') nam...
Hello, world!
疯狂肝了两天,此博客终于稳定下来。现在也终于可以有些时间写下第一篇文章,纪念一下这几天的付出。 一、建站灵感 说起建站的理由,其实也很偶然。前几天我在接收outlook邮件的时候,突然发现o...
单细胞测序(三):寻找细胞标记
一、亚群注释 明确细胞类型。 1.识别每个类群的所有标记物; 2.识别每个类群的保留标记; 3.特定类群的标记识别。 1. 总体代码 markers <- FindAllMarkers(object = scRNA_harmony, test.use...
单细胞测序(二):多组单细胞数据的合并
单细胞的批次效应 批次:细胞以不同的分组处理时,可能发生批次效应。不同单细胞样本的数据合并通常有多种方式,包含锚定点法、Harmony、RPCA和SCTransform等。可以根据实际情况选择需要的合并...
Linux系统通过密钥ssh登陆配置方法
一、制作密钥对 1.打开windows或者Mac OS中的powershell,输入 #生成密钥对 ssh-keygen -t RSA -b 2048 -C "your@domain.com" #-t 后表示ssh的密钥类型,常用的有:rsa、ed25519、dss...
单细胞测序分析所用工作站配件选购、组装与配置
1.背景 常规家用电脑通常难以满足单细胞测序分析对于电脑的配置要求(CPU的线程与内存容量,内存通常需要256G以上)。虽然目前我的PC为128G,但该内存为非ECC内存,其最高128G的容量也难以满足...
在Windows系统的Edge中实现新bing(new bing)访问,解决cnbing重定向问题
背景 在新bing公测的时候,我第一时间加入了waitlist,并快速通过申请。前期也存在着cn.bing.com重定向问题,当时只需安装modheader等HTTP请求头修改插件便可解决此问题。 然而,天有不测风云,...