文献学习2:创伤性脑损伤导致由小胶质细胞介导的慢性皮质炎症和神经元功能障碍
文献学习 Title：Traumatic Brain Injury Causes Chronic Cortical Inflammation and Neuronal Dysfunction Mediated by Microglia DOI: https://doi.org/10.1523/JNEUROSCI.2469-20.2020 题目...
颅脑CT基础：CT断层解剖结构
一、颅CT基础 1.三种常用头颅扫描基线 （1）常规：横轴位（眦耳线），层厚8~10 mm （2）横轴位（眦耳线）：上眶耳线（眦耳线向后倾斜20°） （3）鞍区扫描等 2.密度分类 低密度（黑-透光）：空...
单细胞分析（一）：矩阵数据的处理
一、总体代码 Seurat包官方文档https://satijalab.org/seurat/articles/pbmc3k_tutorial #加载所需R包 library(Seurat) library(tidyverse) library(dplyr) library(patchwork) library(ggplot2...
文献阅读：脑膜对创伤性脑损伤和衰老的转录反应
摘要 研究人员利用高通量RNA测序（RNA-seq）技术，研究了脑膜对创伤性脑损伤（TBI）和衰老的转录反应，这一研究涵盖了亚急性和慢性的时间框架。研究人员首先使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）探索...
文献阅读：增强星形胶质细胞内的内源性大麻素信号可促进创伤性脑损伤的恢复
Title: Enhancing endocannabinoid signalling in astrocytes promotes recovery from traumatic brain injury DOI: https://doi.org/10.1093/brain/awab310 创伤性脑损伤是阿尔茨海默病和痴呆...
单细胞学习（五）：通过聚类角度判断哪些cluster可能属于同一细胞类型
1.总体代码 ##清空环境 rm(list=ls()) #设置工作路径 ###加载所需要的包 library(Seurat) library(tidyverse) library(dplyr) library(patchwork) x=list.files() dir = c('BC2/', 'BC21/') nam...
单细胞测序（三）：寻找细胞标记
一、亚群注释 明确细胞类型。 1.识别每个类群的所有标记物； 2.识别每个类群的保留标记； 3.特定类群的标记识别。 1. 总体代码 markers <- FindAllMarkers(object = scRNA_harmony, test.use...
单细胞测序（二）：多组单细胞数据的合并
单细胞的批次效应 批次：细胞以不同的分组处理时，可能发生批次效应。不同单细胞样本的数据合并通常有多种方式，包含锚定点法、Harmony、RPCA和SCTransform等。可以根据实际情况选择需要的合并...
Linux系统通过密钥ssh登陆配置方法
一、制作密钥对 1.打开windows或者Mac OS中的powershell，输入 #生成密钥对 ssh-keygen -t RSA -b 2048 -C "your@domain.com" #-t 后表示ssh的密钥类型，常用的有：rsa、ed25519、dss...
整合空间转录组和代谢研究揭示人脑损伤后的代谢异质性
空间转录组学揭示损伤脑的独特分子区域化 为了探索TBI的细胞景观，研究人员收集了TBI患者手术后的脑挫伤组织，并基于10× Genomics进行单细胞RNA测序(RNA-seq)。细胞经过t分布随机邻居嵌入(tSNE...